Program Studi Kimia merupakan salah satu program studi di bawah Jurusan Pendidikan Kimia FMIPA Universitas Negeri Yogyakarta. Jurusan Pendidikan Kimia pada awalnya merupakan kursus B-1 Kimia yang dibuka pada tanggal 22 Oktober 1956. Pada tahun 1961, kursus B-1 kimia diubah menjadi Jurusan Kimia FKIP/B Universitas Gadjah Mada. Dengan berdirinya IKIP Negeri Yogyakarta pada tanggal 21 Mei 1964, maka Jurusan Kimia FKIP/B UGM bergabung ke dalam IKIP Yogyakarta di bawah Fakultas Keguruan Ilmu Eksakta (FKIE) dengan nama Jurusan Kimia. Sejak tahun 1980, FKIE berubah menjadi FPMIPA (Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam), dan Jurusan Kimia berubah menjadi Jurusan Pendidikan Kimia (Jurdik Kimia) yang mengelola Prodi Pendidikan Kimia jenjang S1 dan D3. Pada tahun 1997, Jurdik Kimia diberi perluasan mandat untuk membuka Prodi Kimia S1. Dengan berubahnya status IKIP Negeri Yogyakarta menjadi Universitas Negeri Yogyakarta (UNY) pada tahun 1999, maka FPMIPA menjadi FMIPA, dan Jurdik Kimia mengelola Program Studi Pendidikan Kimia S1 serta Program Studi Kimia S1. Dengan demikian, sudah lebih dari 50 tahun, prodi ini berperan meningkatkan kualitas pendidikan kimia di Indonesia.